Mit e-Rechnungen lassen sich bis zu 70% Kosten einsparen. Elektronisch übermittelte Rechnungen werden von den EU-Mitgliedstaaten unter der Voraussetzung akzeptiert, dass die Echtheit der Herkunft und die Unversehrtheit des Inhalts gewährleistet werden. Dies kann entweder durch eine fortgeschrittene elektronische Signatur realisiert werden, wobei die Mitgliedstaaten allerdings verlangen können, dass die Rechnungssignatur auf einem qualifizierten Zertifikat beruht und von einer sicheren Signaturerstellungseinheit erstellt wird. Oder die Umsetzung erfolgt durch elektronischen Datenaustausch (EDI). Die Herkunft und Unversehrtheit einer e-Rechnung muss in Deutschland durch eine qualifizierte elektronische Rechnungssignatur gewährleistet sein (§14 Abs. 3 UStG).

PDF ist ein verbreitetes Format für solche e-Rechnungen. Eine PDF-Rechnung mit digitaler Signatur, die mit einem qualifizierten Zertifikat mittels einer geprüften und bestätigten SmartCard erzeugt wurde, erfüllt die gesetzlichen Vorgaben. Allerdings muss die Rechnungssignatur mit einer Signaturanwendung erzeugt worden sein, für die der Hersteller eine Erklärung verfasst hat, die durch die Bundesnetzagentur geprüft und im Bundesanzeiger veröffentlicht wurde.

Der Aufbau und Ablauf des angewandten Verfahrens müssen für das Finanzamt nachprüfbar sein. Für die Erstellung qualifizierter elektronischer Signaturen sind alle Verfahren zulässig, die den Vorgaben des SigG entsprechen. Der Rechnungssteller kann die Rechnungen auch in einem automatisierten Massenverfahren mit einer Rechnungssignatur versehen.

Ein Unternehmen als Rechnungsempfänger hat die Nachweise über die Echtheit und Unversehrtheit, hier also die qualifizierte Signatur, der Daten zehn Jahre aufzubewahren, selbst wenn nach anderen Vorschriften die Gültigkeit dieser Nachweise bereits abgelaufen ist. Für eine digitale Betriebsprüfung durch die Finanzbehörden müssen die Grundsätze zum Datenzugriff und zur Prüfbarkeit digitaler Unterlagen (GDPdU) erfüllt sein. Hierzu gehört die Protokollierung des Eingangs der e-Rechnung, sowie deren Archivierung, Konvertierung und Weiterverarbeitung. Für jede empfangene Rechnung muss deren Authentizität sowie die Autorisierung des Unterzeichners geprüft werden. Die Prüfergebnisse müssen zusammen mit der Rechnung und dem qualifizierten Signaturzertifikat gespeichert werden, wobei die Datenintegrität gewährleistet sein muss.